Кабельные бактерии с электрической связью с кислородом привлекают стаи разнообразных бактерий.

Новости

ДомДом / Новости / Кабельные бактерии с электрической связью с кислородом привлекают стаи разнообразных бактерий.

Apr 03, 2024

Кабельные бактерии с электрической связью с кислородом привлекают стаи разнообразных бактерий.

Nature Communications, том 14, Номер статьи: 1614 (2023) Цитировать эту статью 5264 Доступов 1 Цитирований 62 Подробности Altmetric Metrics Кабельные бактерии представляют собой нитчатые бактерии сантиметровой длины, которые

Nature Communications, том 14, номер статьи: 1614 (2023) Цитировать эту статью

5264 Доступа

1 Цитаты

62 Альтметрика

Подробности о метриках

Кабельные бактерии представляют собой нитчатые бактерии длиной в сантиметр, которые проводят электроны по внутренним проводам, таким образом связывая окисление сульфидов в более глубоких бескислородных осадках с восстановлением кислорода в поверхностных осадках. Эта активность вызывает геохимические изменения в отложениях, и другие группы бактерий, по-видимому, получают пользу от электрической связи с кислородом. Здесь мы сообщаем, что разнообразные бактерии плавают плотной стаей вокруг бескислородной части кабельных бактерий, дышащих кислородом, и сразу же рассеиваются, когда связь с кислородом нарушается (путем разрезания кабельных бактерий лазером). Рамановская микроскопия показывает, что скапливающиеся бактерии более окисляются, когда они ближе к кабельным бактериям, но физический контакт кажется редким и кратким, что предполагает потенциальный перенос электронов через неидентифицированные растворимые промежуточные соединения. Метагеномный анализ показывает, что большинство стайных бактерий являются аэробами, включая органотрофы, окислители сульфидов и, возможно, окислители железа, которые могут передавать электроны кабельным бактериям для дыхания. Ассоциация и тесное взаимодействие с такими разнообразными партнерами могут объяснить, как кислород через кабельные бактерии может влиять на микробные сообщества и процессы далеко в бескислородной среде.

Кабельные бактерии представляют собой длиннонитчатые бактерии, которые могут передавать электроны на сантиметровые расстояния и тем самым сочетать окисление сульфида с дистанционным восстановлением кислорода или нитрата1,2. Они встречаются во всем мире в морских и пресноводных отложениях и водоносных горизонтах3,4,5 и напрямую влияют на круговорот серы, кислорода, углерода и азота6. Посредством градиентов pH и электрических полей, вызванных перемещением электронов, они также косвенно влияют на цикличность железа, кальция, кобальта и мышьяка, а также на все потоки ионов в их среде обитания6,7,8,9. В пресноводных отложениях они могут вызвать 4,5-кратную стимуляцию сульфатредукции и резко снизить выбросы метана10,11.

Активность кабельных бактерий также связана с усиленной ассимиляцией углерода автотрофными сульфидными окислителями12 и коррелирует с распространением бактерий, перерабатывающих железо, в морских отложениях13. Эти очевидные ассоциации привели к предположениям, что бактерии в бескислородных отложениях каким-то образом могут использовать кабельные бактерии в качестве проводника электронов к кислороду14,15.

Здесь мы используем комбинацию микроскопических наблюдений, секвенирования метагенома, лазерной микродиссекции и рамановской микроскопии, чтобы продемонстрировать динамику и близость этой ассоциации, предварительно идентифицировать вовлеченные бактерии и предложить вероятный механизм переноса электронов между ассоциированными бактериальными скоплениями и кабельными бактериальными нитями. .

Кабельные бактерии из обогащения пресноводного штамма Ca. Electronema aureum GS16 наблюдалась в полуестественных условиях на предметном стекле микроскопа (так называемое траншейное предметное стекло), где кислород диффундировал с края покровного стекла, а органические вещества, сульфиды и другие питательные вещества поступали из осадка в центральной части покровного стекла. отсек (траншея)17,18. Эта установка установила зону наблюдения, где кабельные бактерии простирались от осадка до границы кислородно-бескислородной среды, которая была четко очерчена микроаэрофильной завесой из подвижных аэробных бактерий (рис. S1). В бескислородной части зоны, на расстоянии до 4 мм от кислородно-бескислородной границы, бактериальные клетки плавали стаей вокруг сегментов кабельных бактерий, обычно превосходя численность соседних клеток кабельных бактерий в 2,2:1 (рис. 1А, видео). S1, Таблица S1). Детальное отслеживание клеток показало хемотаксическое поведение по отношению к кабельным бактериям: скапливающиеся клетки были сконцентрированы вблизи нитей кабельных бактерий, с самой высокой плотностью клеток на расстоянии 20 мкм, но все еще увеличивалась плотность, по крайней мере, на расстоянии 50 мкм (рис. 1B, рис. , С2). Не было явного паттерна соприкосновения скапливающихся бактерий с кабельными бактериями, но с учетом ограничений разрешения обычных световых микроскопов и динамического характера взаимодействия, сдерживающего методы с более высоким разрешением, мы в настоящее время не можем исключать возможность возникновения касания; но если и так, то это было редко и кратковременно. Скорость плавания скапливающихся бактерий значительно увеличивалась на расстоянии 20 мкм (рис. 1C), что указывает на увеличение движущей силы протонов19,20,21. Доля бактериальных клеток, обнаруживаемая с помощью флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) на расстоянии 10 мкм от кабельных бактерий, была значительно выше, чем на расстоянии > 10 мкм (таблица S2), что позволяет предположить, что они имели более высокое количество рибосом и, следовательно, более высокую метаболическую активность по сравнению с основной массой клеток. осадочные бактерии22. В совокупности это указывает на высокую скорость метаболизма внутри стада и метаболическую стимуляцию стайных бактерий при приближении к кабельным бактериям.

1 mg ml−1 humic acids in lake sediment25, or flavins in the nM range in marine sediment26), shuttles do not have to be produced by cable bacteria or associated bacteria. Also, the turnover rate of a soluble mediator in this concentration range would be below 2 s (Supplementary Note 1, Table S4). This rapid turnover suggests an immediate depletion of the oxidized mediator once cable bacteria stop re-oxidizing its reduced form and thus explains the rapid dispersal of the bacterial flock upon cutting the connection of the filament to oxygen. That cable bacteria provide a potent oxidized electron shuttle seems the only plausible explanation for the proliferation of other bacteria associated with cable bacteria in the anoxic sediment compartment12,13, the amount and vigor of motile cells surrounding cable bacteria (Fig. 1A, Movie S1), and their rapid dispersal after cutting (Movie S2)./p>7 years in our laboratory./p>30% sequence identity over 70% of the length of the query sequence. A single positive BLAST match for an EET-related gene (see Supplementary Dataset 1) was considered a full match. Dissimilatory sulfite reductase (DsrAB) proteins were determined as being oxidative or reductive based on the best BLAST hit against a DsrAB database43. These combined kofamscan and BLAST methods were used to determine the traits shown in Fig. 3. Sulfide oxidation determination was based on the presence/absence of genes encoding reverse DsrAB or the Sox system. Sulfate reduction was based on the presence of dsrAB43. Aerobic respiration was based on the presence of at least one set of genes encoding a cytochrome c oxidase. Nitrate/nitrite respiration was based on the presence of genes encoding one of several nitrate or nitrite reductases. Autotrophy was indicated by the presence of acsAB (indicating the Wood–Ljungdahl pathway), cbbLS (indicating the Calvin Cycle), or nifJ/porCDAB/oorDABC (indicating the reverse citric acid cycle). Further pathways and genes for chemotaxis, flagellar assembly, glycolysis, and aerobic methane or formate metabolism were also screened but not included in Fig. 3. All details of accession numbers screened for these genes and pathways are included in the header of Supplementary Dataset 1./p>